Mezi roky 1983 a 1986 byl Pražský výběr komunistickým režimem zakázán. Skupina se ke koncertování a nahrávání desek mohla vrátit až v druhé polovině 80. let. Po revoluci pak vystupovala spíše výjimečně. Na větší množství koncertu začala vyrážet až po přelomu milénia.

V roce 2006 se skupina kvůli neshodám mezi ústředními postavami kapely Michaelem Kocábem a Michalem Pavlíčkem rozpadla. V říjnu téhož roku si pak Michael Kocáb založil novou skupinu, která dostala název Pražský výběr II a s níž koncertoval až do roku 2009. V roce 2012 se pak fanoušci Pražského výběru dočkali návratu původní sestavy.