Na hudební scénu se pak vrátila jako jedna ze dvou zpěvaček českobudějovické folkové kapely Nezmaři. V této formaci, s níž natočila osm hudebních nosičů, působila téměř dvanáct let. V tomto období natočila také čtyři sólová alba. Na prvním z nich ji doprovází skupina Weekend – jedná se o album nazvané Pavlína Jíšová a Weekend: Někdo jiný než jsem já. Některé písně z této desky byly použity hudebním kritikem Jiřím Černým v kompilačním albu Krajina české country, které vytvořil a vydal časopis Reader’s Digest. S Weekendem Jíšová poznala Michala Tučného a téměř dva roky vystupovala v jeho pořadu, kde měla vlastní sólový prostor. Společně s Michalem Tučným a s Weekendem také natočila několik písní, které vyšly na albu nazvaném Kosmickej vandr.

V průběhu své umělecké kariéry spolupracovala také s Robertem Křesťanem – vznikla tak deska Druhá tráva s Pavlínou Jíšovou, na níž se jihočeská rodačka představila jako autorka, což odstartovalo její spolupráci s Věrou Martinou, pro kterou napsala několik písní. Na druhém albu s Pavlínou Jíšovou spolupracoval známý český písničkář Jaromír Nohavica.

V roce 2002 Jíšová kapelu Nezmaři opustila a požádala bývalého člena skupiny Druhá tráva Pavla Malinu, aby jí vybral muzikanty k natáčení dalšího alba a zároveň sestavil skupinu, která by ji doprovázela na koncertních vystoupeních. Vznikla tak československá hudební formace CS Band, která s Jíšovou natočila páté sólové album nazvané V proutěném křesle. Se skupinou vystupovala v letech 2003 až 2005.

Na konci roku 2006 se českobudějovická zpěvačka ocitla na důležitém mezníku – uplynulo totiž pětadvacet let od té doby, co poprvé vstoupila na pódium. V roce 2007 pak vyšlo nové album s názvem Pavlína Jíšová a přátelé: Andělé jsou s námi. Nejúspěšnější byla skladba K bráně bran, která se stala nejčastěji hranou písní na rádiu Proglas v roce 2007. Trio Pavlína Jíšová a přátelé poté navázalo spolupráci s Pavlem Bobkem.

V roce 2009 se stálou členkou hudební sestavy stala Pavlínina dcera Adéla Lounková, která hraje na kytaru a irské flétny. Dalšími členy skupiny byli kontrabasista a zpěvák Pavel Peroutka a elektrický kytarista a zpěvák Jakub Racek, který v sestavě nahradil Pavla Malinu. V tomto složení skupina natočila studiové album s názvem Blázen tančí dál.